El CELAM está organizado así
La Secretaría General:
Organismo ejecutivo inmediato y permanente de la presidencia, responsable de animar y coordinar las actividades del CELAM
Los Departamentos:
Comunión Eclesial y Diálogo
Misión y Espiritualidad
Vocaciones y Ministerios
Familia y Vida
Cultura y Educación
Justicia y Solidaridad
Comunicación y Prensa
Centro de Formación CEBITEPAL, conformado por:
Escuela Bíblica
Escuela Teológica
Escuela Social
Editorial - CELAM